Struktur tarif pelayanan jasa kepelabuhanan merupakan kerangka tarif dikaitkan dengan tatanan waktu dan satuan ukuran dari setiap jenis pelayanan jasa kepelabuhanan dalam satu paket pungutan. Kerangka tarif pada setiap jenis pelayanan jasa kepelabuhan, terdiri dari :
a.	Tarif Pelayanan Jasa Kapal dibedakan untuk kapal angkutan laut dalam negeri dan luar negeri, meliputi :
	1.		Tarif Pelayanan Jasa Labuh :
			a.) Kapal Niaga
			b.) Kapal Bukan Niaga
	2.		Tarif Pelayanan Jasa Pemanduan
			a.) Melayani masuk/keluar kapal di perairan wajib pandu
			b.) Melayani gerakan tersendiri di perairan wajib pandu
			c.) Melayani pemanduan kapal di luar batas perairan wajib pandu dan perairan pandu luar biasa
	3.		Tarif Pelayanan Jasa Penundaan
			a.) Dalam daerah perairan pelabuhan
			b.) Di luar daerah perairan pelabuhan
	4.		Tarif Pelayanan Jasa Tambat
			a.) Tambatan Dermaga (beton, besi dan kayu)
			b) Tambatan Breasting dolphin/pelampung
			c.) Tambatan Pinggiran
b.	Tarif Pelayanan Jasa Barang
	1.		Tarif Pelayanan Jasa Dermaga
			a.) Barang dalam kemasan (peti kemas di dermaga konvensional, pallet/unitisasi)
			b.) Barang tidak dalam kemasan (barang umum, barang curah kering, barang curah cair dan hewan)
	2.		Tarif Pelayanan Jasa Penumpukan
			a.) gudang
			b.) lapangan
	3.		Tarif Pelayanan Jasa Peti Kemas di terminal peti kemas
			Tarif pelayanan jasa peti kemas di terminal peti kemas terdiri dari kegiatan operasi kapal (stevedoring, haulage/trucking, menumpuk ke lapangan atau sebaliknya, shifting, dermaga; buka/tutup palka dan kegiatan operasi lainnya), operasi lapangan (penumpukan lift on/lift off, gerakan extra, relokasi, angsur, dan kegiatan operasi lapangan lainnya), dan Operasi Container Freight Station (stripping,/stuffing, penumpukan, penerimaan/penyerahan dan kegiatan Operasi Container Freight Station lainnya)serta kegiatan pelayanan jasa peti kemas. lainnya
c.	Tarif Pelayanan Jasa Penumpang yaitu :
	1.		Terminal Penumpang Kelas A
	2.		Terminal Penumpang Kelas B
	3.		Terminal Penumpang Kelas C
d.	Tarif Pelayanan Jasa Alat yang meliputi :
	1.		Tarif Pelayanan Jasa Alat Mekanik
	2.		Tarif Pelayanan Jasa Alat Bukan Mekanik
e.	Tarif Pelayanan Jasa Kepelabuhanan lainnya meliputi :
	1.		Tarif tanda masuk (pas) pelabuhan dibedakan untuk :
			a.) Orang
			b.) Kendaraan
	2.		Tarif penggunaan tanah dibedakan sesuai dengan kepentingan dan/atau manfaatnya
	3.		Tarif penggunaan perairan dibedakan sesuai dengan kepentingan dan/atau manfaatnya
	4.		Tarif penggunaan ruangan/bangunan dibedakan sesuai dengan konstruksi bangunan dan/atau fasilitas kelengkapan bangunan yang disediakan
	5.		Tarif pelayanan listrik dibedakan sesuai dengan kepentingan dan/atau manfaatnya
	6.		Tarif pelayanan jasa informasi dibedakan sesuai dengan kepentingan dan/atau manfaatnya
	7.		Tarif pelayanan air bersih dibedakan sesuai dengan kepentingan dan/atau manfaatnya serta untuk kapal dipisahkan tarifnya bagi kapal angkutan laut dalam negeri dan luar negeri
	8.		Tarif pelayanan kendaraan dan barang secara Ro-ro terdiri dari tarif jasa dermaga dan penumpukan
Tatanan waktu dan satuan ukuran dari setiap jenis pelayanan jasa kepelabuhanan terdiri dari :
a.	Pelayanan Jasa Kapal terdiri dari :
	1.)		Labuh, dihitung berdasarkan ukuran kapal dalam Gross Tonnage (GT) dengan satuan GT per-kunjungan kapal
	2.)		Pemanduan, dihitung berdasarkan ukuran kapal yang dipandu dalam Gross Tonnage (GT) dengan satuan GT pergerakan dikaitkan dengan jarak pemanduan dan tingkat resiko.
	3.)		Penundaan, dihitung berdasarkan kelompok ukuran kapal yang ditunda dalam Gross Tonnage (GT) dengan satuan GT per-jam
	4.)		Tambat dihitung berdasarkan ukuran kapal dalam Gross Tonnage (GT) dengan GT per-etmal
b.	Pelayanan Jasa Barang, terdiri dari :
	1.)		Dermaga
			a.)	Barang dalam kemasan, dihitung berdasarkan satuan per Ton/M3 dan satuan per Box untuk peti kemas
			b.)	Barang tidak dalam kemasan, dihitung berdasarkan satuan per Ton/M3 dan satuan per Ton/M3/Ekor untuk hewan
	2.)		Penumpukan
			a.)	Barang dalam kemasan, dihitung berdasarkan satuan per Ton/M3 dan satuan per Box untuk peti kemas
			b.)	Barang tidak dalam kemasan, dihitung berdasarkan satuan per Ton/M3 dan per satuan per Ton/M3/Ekor per satuan hari untuk hewan
	3.)		Pelayanan Peti Kemas
			Pelayanan peti kemas di terminal peti kemas dihitung berdasarkan paket kegiatan sebagai berikut :
			a.)	Paket kegiatan penanganan peti kemas status FCL dan LCL dengan satuan per box
			b.)	Paket kegiatan penumpukan dengan satuan per box per hari
			c.)	Paket kegiatan penanganan uncontainerized cargo dengan satuan per unit
			d.)	paket kegiatan operasi Containe Freight Station (CFS), konsolidasi kargo, distribusi kargo dan depo petikemas dengan satuan per Box, per Ton/M3 dan satuan lainnya.
			e.)	Paket kegiatan penanganan lainnya dengan satuan per Box, palka dan Shift
c.	Pelayanan Jasa Penumpang, dihitung berdasarkan satuan orang atau satuan lainnya
d.	Pelayanan jasa alat, dihitung berdasarkan satuan jam atau satuan lainnya
e.	Pelayanan jasa kepelabuhanan lainnya, terdiri dari
	1.)		Tanda masuk (pas) pelabuhan, dihitung berdasarkan satuan orang atau jenis/kapasitas kendaraan per sekali masuk atau per satuan waktu
	2.)		Penggunaan tanah, ruangan dan bangunan dihitung berdasarkan ukuran luas dengan satuan M2 dan waktu pemakaian
	3.)		Penggunaan perairan dihitung berdasarkan ukuran luas dengan satuan M2 dan waktu pemakaiannya
	4.)		Pelayanan listrik, dihitung berdasarkan satuan KWH
	5.)		Pelayanan jasa informasi, dihitung berdasarkan satuan Kilo Karakter atau satuan lainnya
	6.)		Pelayanan air bersih, dihitung berdasarkan satuan Ton/M3 atau satuan lainnya